sábado, 1 de octubre de 2016

Orígenes.La vida. Capítulo 4 - El modelo del Mundo RNA.

Este capítulo ha sido el que más me ha costado hasta ahora, no por que sea especialmente complejo sino por la cantidad de teorías que incluye que explican su base de forma resumida pero muy completa. Carlos Briones nos lleva de paseo por los posibles mundos que pudieron dar lugar al flujo de información genética ADN → ARN → Proteínas.

La información genética se almacena en el ADN y las proteínas están codificadas en él pero necesita proteínas polimerasas para copiarse. Ya tenemos la primera gran pregunta, ambos son imprescindibles para formar al otro. ¿Qué fue primero al ADN o las proteínas?
La solución que parece ganar de momento es la intermedia, el primero fue el ARN.


ARNm-Rasmol
Imagen de la Wikipedia
Como he dicho hay mucha información así que mi deformación profesional me hace reducirla para que no salga nadie huyendo, pido perdón a los entendidos y a los científicos que no serán nombrados.

Vamos a situarnos en los orígenes del modelo que da nombre al capítulo.
En 1968 se lograron pruebas de que el ARN es anterior al ADN, ya que su precursor, y a las proteínas por ser imprescindible en su traducción. También es imprescindible en la formación de ATP y GTP.
Por otro lado no se han encontrado reacciones que transformen proteínas en ARN por lo que se descarta esa línea de flujo.
En 1970 se descubre que los retrovirus copian su ARN en forma de ADN. Este hecho nos permite cambiar el flujo anterior a ADN ↔ ARN → Proteínas.
Ya es posible colocar al ARN como precursos de ADN y proteínas.
En 1982 se refuerza este punto con el descubrimiento en la naturaleza de ARN catalíticos, llamadas ribozimas, Nuestra molécula puede actuar como ADN y como proteína. Hemos entrado en el "Mundo RNA".
El descubrimiento de nuevos ribozimas naturales, hasta llega a 8, refuerza esta línea de trabajo.
Los 7 primeros se autoprocesan sus proteínas y el octavo cataliza las uniones entre aminoácidos por medio de enlaces peptídicos.
Teniendo la base para explicar la replicación el autor nos espeta una segunda pregunta clave, ¿cómo se originó el código genético de los seres vivos?. Sí podemos copiar pero ¿de dónde salió lo que copiamos?
No tenemos nada claro, ni tan siquiera si al principio había 4 ácidos nucleótidos formando los ácidos nucleicos o eran más.

En 2000 se demostró que la ribozima PT permitía explicar la formación de proteínas a partir de la unión de aminoácidos gracias a lectura de ARNs mensajeros. Se logró demostrar la segunda parte del flujo y podemos explicar la formación de protoribosomas que evolucionarán hacia otros más eficientes hasta los actuales. Se piensa que LUCA tenía ribosomas parecidos a los de las bacterias.

En cuanto al metabolismo, no se han encontrado ribozimas implicados en él por lo que, o bien no hubo ribozimas metabólicos, o bien eran poco eficaces y la evolución los sustituyó por proteínas.

Para poder avanzar más rápido se había abierto una nueva vía de investigación, sin abandonar la búsqueda en la naturaleza se comenzó a trabajar in vitro.
En 1967 se pusieron moléculas de ARN del bacteriófago Qβ y se le añadieron enzimas proteicas con actividad ARN polimerasa sin presencia de células. Si en el medio se ponían los nucleótidos y moléculas necesarios se conseguía la replicación fuera del entorno celular. Además las replicaciones consecutivas mutaban aumentando el número de los que se replicaban a mayor velocidad. La molécula ganadora evolutivamente era 20 veces más corta que la original y se bautizó como el monstruo de Spiegelman. Si bien esta molécula no es apta para infectar demuestra la evolución en conjunta de algunas moléculas.

Afinando la técnica de selección de ácidos nucléicos in vitro se consigue amplificar las moléculas adecuadas para lograr uniones concretas, aptámeros, o realizar funciones concretas. Aplicada nuestra primera ribozima natural se consiguió otra más eficiente. Si hemos podido conseguir ribozimas metabólicos y otra que forma ribonucleótidos a partir de pirimidina y ribosa activada para aportar material para sintetizar ARN, estamos confirmando la hipótesis del Mundo RNA.
El que no existan hoy en día en la naturaleza se podría deber, como se ha comentado, a que las proteínas son más eficientes.

Nos falta un ARN autoreplicante y capaz de copiar alos demás ribozimas que no se ha encontrado en la naturaleza ni se ha conseguido in vitro aunque se están realizando avances prometedores.
Las réplicas conseguidas in vitro contienen un error cada 100 nucleótidos copiados mientras que el ADN sólo yerra en uno de cada 109. Esta diversidad en las copias obtenidas ayuda a evolucionar aunque muchas de ellas no sean funcionales. Los virus con genoma de ARN cumplen las predicciones anteriores.
Nuestro modelo sigue avanzando pero seguimos sin explicar el origen del ARN.
Si bien podemos explicar la formación de ribonucleótidos, su polimerización abiótica su estabilización y cómo llegaron a ser catalíticos es lo que nos queda por explicar, casi na.

La polimerización necesita mucha enbergía y no es favorable termodinámicamente por lo que necesitamos catalizarla. Se trabaja en tres vías, interfases agua-hielo y agua-lípidos y la arcilla montmorillonita.
Imagen de Wikipedia
Ésta última es un filosilicato cuyas capas y cargas están dispuestas de forma que los ribonucleótidos pueden entrar y orientarse de forma correcta para su unión.
Con estos catalizadores abióticos se consiguen cadenas de 40, 50 y hasta 100 uniones que dan lugar a moléculas estables sobre todo en la arcilla.
Llegados a este punto el autor nos propone cambiar la sopa prebiótica por una lasaña para adaptar el símil culinario al escenario actual.
Recientemente se ha demostrado que la polimerización desde esas pequeñas cadenas hasta las macromoléculas de ARN se puede dar gracias a una ribozima natural. Otras ribozimas ya han demostrado ser capacesde autoreplicarse, nos vamos acercando a la obtención del ARN replicasa necesario para copiar la información genética.
La síntesis del ARN primigenio no es la única linea de investigación abierta, hay grupos que se centran en la de otros ácidos nucléicos (XNA) como paso anterior al ARN. Se ha conseguido catálisis en corte y unión de moléculas, las primeras funciones bioquímicas. Además son capaces de transmitir la información genética al ARN con lo que se consigue la continuidad evolutiva.

El capítulo termina con una reflexión, la importancia del material genético no está en el material en sí sino en la información que es lo que se mantiene al copiarse, por encima del organismo que la contenía ya que pervive en su descendencia. Para que quede más claro nos propone una metáfora, una antorcha puede prender varias que seguirán trayectorias diferentes, éstas a su vez prenderán otras y así sucesivamente y recorrerán multitud de caminos. Así es la evolución de la vida.

Os felicito por llegar hasta aquí abajo. Para comentar, dada la complejidad de todo lo leído, os propongo:

- Opinión sobre el capítulo, no seáis malos.
- La complejidad de las macromoléculas que queremos formar es suficiente para hacernos una idea de lo dificultoso del camino, ¿tenías idea de lo avanzado que lo llevamos?
- Abramos el abanico y aportemos algo, las primeras cadenas de ribonucleótidos parece que se formaron en rocas o interfases. ¿Crees que esa idea puede cambiar radicalmente con algún descubrimiento importante?¿Como cuál?
- Hemos aprendido que la variabilidad en la copia favorece la evolución pero que no permite una población molecular homogénea, está claro el paralelismo con la evolución las especies. ¿esto es un punto a favor de la teoría?

Buen fin de semana, os lo habéis ganado ;-)

Santos

10 comentarios:

  1. Entiendo que te haya resultado difícil resumir el capítulo Santos, mi opinión es que es muy complicado. Lo he leído dos veces (aparte de otra vez que lo leí hace tiempo). Luego he leído el siguiente capítulo para hacer el resumen y tenido que leerlo este otra vez. Me sigue pareciendo complicado. Has hecho un gran trabajo para poder extraer algunas ideas que ayudan a facilitar la comprensión.

    Es sorprendente que se formen macromoléculas a partir de la bases con la que se parte. Aquí llego a la conclusión de lo complicada que puede ser la química subyacente. Es más, me sorprende que las primeras cadenas de ribonucleóticos se formaran en rocas o interfases. Esto me lleva a pensar que el descubrimiento que preguntas puede que no proceda de la química o la biología sino de la geología usando también métodos físicos. Cada vez creo que es más difícil entender una rama de la ciencia individualmente, es necesario entender la ciencia en su conjunto y que los científicos dejen de ser biólogos, físicos, químicos o físicos y pasen a ser simplemente científicos.

    No sabría decirte si es un punto a favor de la teoría. Me sigue pareciendo difícil de entender como la variabilidad favorece la evolución. La variabilidad puede ser infinita, ¿cómo decide la evolución que variación es útil y cuál no? No me queda claro. Quizá le estoy dando una visión "humana" a la capacidad de decisión, aun sabiendo que no la tiene.

    ¡Gracias por el resumen Santos! ¡Buena semana!

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  2. ¡Hola a todos!

    No me extraña que te haya costado resumir, Santos, yo no sabría por dónde empezar. Has hecho un gran trabajo. Pero necesitaría un cursillo intensivo de química y bioquímica para enterarme algo más.

    Dices que no seamos malos sobre qué nos ha parecido el capítulo... entonces ¿no puedo decir que me he dormido leyéndolo? (¡y no me duermo fácilmente!). Vale... lo retiro y no diré más sobre qué me ha parecido...

    Aunque de lo poco que he entendido destacaría lo de cambiar la sopa prebiótica por una lasaña con gusto a arcilla. No tenía ni idea.

    También me ha gustado saber sobre los ácidos nucleicos artificiales desarrollados. ¡Me ha sonado a ciencia ficción! :O

    Y paso a la última cuestión (que del resto no me atrevo a opinar). La variabilidad (o mutabilididad) es una de las dos patas fundamentales de la teoría de la evolución, por lo que yo hubiese dicho que sí, pero Jorge me ha hecho dudar... A mí me parece bastante evidente, por lo que no entiendo por qué dudas, Jorge. La "decisión", de qué variación es útil y cuál no lo es, la "toman" los organismos que son capaces de dejar más descendencia respecto a las variaciones que dejan menos descendencia (o ninguna). Y esta es la segunda pata fundamental de la teoría de la evolución. Carlos Briones habla de ello en el libro como "azar y necesidad".

    ¡Que tengáis una feliz semana!

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    1. Justo en el término "azar" está mi problema, y es porque lo entiendo en términos estadísticos. El azar hace que exista una tendencia dentro de una distribución estadística y que tengamos un valor medio. Si la variabilidad es infinita, ¿cómo hace la evolución para generar esa media?. Entiendo que tiene que haber una desviación estadística que puede ser tan amplia como para cubrir toda la muestra, pero eso no haría más que hacer desaparecer la media.

      Puede parecer una tontería, pero me cuesta menos entender el colapso de una función de onda (matemáticamente es evidente) que como la evolución selecciona unas determinadas cualidades entre miles o millones de opciones.

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    2. Jorge, está claro que no lo veo como tú. Déjate de estadísticas y de medias. Yo lo veo tan simple como que si un gen muta (tenga la probabilidad que tenga de hacerlo y el resultado de la mutación sea la que sea) puede pasar dos cosas, que pase a la siguiente generación o no (en este caso puede ser que el individuo no haya sido viable, que la mutación le haya impedido procrear, que la mutación no haya supuesto una ventaja para dar descendencia, mala suerte, etc.). Eso multiplícalo por un gúgol de veces. Creo solo eso es la evolución. Sin medias estadísticas. ;) Pues más que un modelo estadístico es un algoritmo.

      Y dejo lo de la función de onda para que me la expliques en otra ocasión ;D

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  3. Parece que estamos de acuerdo en que la dificultad del capítulo es mayor de la que puede sobrellevar alguien que sabe poco bioquímica. Posiblemente hubiese sido mejor hacer dos, aunque sólo hubiese sido para dar descanso al lector.

    Jorge, es indudable que una sola ciencia no puede desarrollar por completo casi nada. El que se hayan encontrado buenos resultados en interfases y entre capas de una roca es muy llamativo. Mi pregunta buscaba seguir esa sorpresa, ¿podrían descubrir nuevos catalizadores que permitiesen salvar las dificultades?. Siendo un catalizador específico puede que no hayan probado con la molécula adecuada y que no sea necesaria una situación de las moléculas tan forzada.

    Conxi, yo también dejé el capítulo para otro rato y cerré los ojos.

    En cuanto al azar, yo he entendido que siendo la variación obtenida hasta ahora muy alta la evolución la ha minimizado. Es lógico que en un principio sea bueno que sea alta para encontrar una solución. La analogía de Conxi me convence, dentro de las grandes diferencias. Estos parecidos entre teorías son los que hacen que parezca mejor.

    Pensando en el azar veo clara tu reflexión, Jorge, pero no la entiendo. Perdón por la contradicción, me explico. Si la descendencia tiene variaciones pueden ser en uno o varios puntos. Habrá moléculas parecidas con funciones parecidas, otras que realizarán funciones diferentes (incluso manteniendo la inicial) y otras que perderán la funcionalidad. ¿Qué media hacemos?
    Después de varias copias es posible que las más funcionales se copien más lentamente. ¿Qué medimos?
    ¿De qué hacemos la media? Veo la media como algo que hacemos nosotros para ordenar o simplificar, la naturaleza no tiene porqué ponernos fácil hacerla.

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  4. Hola a todos.
    Gracias,  Santos, por este resumen esclarecedor.
    Rstos dos últimos capítulos me están costando mucho, tanto que se me escapa la mitad de lo leído y si no fuera por vuestros resúmenes, ni eso. Menos mal que no se me ocurrió resumirlos, hubiera sufrido un montón.

    Por supuesto desconocía lo avanzada que está las bioquímica y su evolución y me alegra saberlo. Me fascina ir profundizando en la comprensión de la vida. Pasando de la física cuántica, la química y la bioquímica

    Por el mismo motivo de no comprender con profundidad los capítulos, no me atrevo a especular sobre un posible descubrimiento y sus implicaciones en las teorías.

    Por supuesto que apoya la teoría de evolución. Puedo estar muy equivocada, pero yo diría que no se conoce ninguna "cosa" que no haya evolucionado.

    Jorge, hay un libro, que me ayudó un poco a comprender, (bueno a empezar a comprender,) la profundidad de la teoría de la evolución introduciendo la teoría de la complejidad y las redes complejas. Patrones como las Fractales que se repiten en toda la naturaleza que conocemos.
    No te lo se explicar bien pero creo que vas por ahi. El libro es " Vidas sintéticas " de Ricard Sole.

    Buena semana a todos

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    1. Cristina, no he elegido resumirlo, me tocaba. Al tener que resumir sobre algo que no domino he necesitado una lectura pausada para situarme, otra para esbozar el texto y un tercer repaso a las partes menos claras, que han sido muchas. El sufrimiento va menguando conforme lo vas entendiendo, pero en la primera lectura te doy toda la razón.

      Otro libro a la lista de deseos ;-)

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  5. Hola, que decir...

    Yo también me he dormido en alguna ocasión, pero es que lo cojo cuando estoy molido. En el primer comentario que hice sobre del libro ya decía que este libro no era de los de leer con sueño, era de los de coger notas, releer para entender y pensar. Pero estos dos últimos capítulos me han desbordado (también coincide con mucho lío personal).

    De todas formas estoy disfrutando, estoy aprendiendo... y lo que tengo claro es que si no lo estuviera leyendo en #TertuliasCiencia, en vuestra compañía, seguro que lo habría abandonado. Por cierto Santos, gracias a tu resumen me he podido situar mejor en lo que he leído.

    Os comento, sobre el contenido del capítulo decir que es interesante ver como está el ser humano (un grupo de científicos) investigando y buscando los detalles. Seguro que una redacción más superficial no transmitiría esa ilusión/competición/cooperación compartida por los investigadores.

    Con respecto a lo que se ha comentado de las superficies sólidas catalíticas (lasañas) decir que no me ha extrañado mucho porque ya se intuía en el capítulo anterior. Como funcionan esas superficies lo estudié en varios cursos de la carrera y por ello, aunque nunca lo hubiera pensado, no me ha sorprendido (Jorge, realmente en la carrera yo ya observé esa multidisciplinariedad que tu indicas, tampoco me ha sorprendido, lo que me sorprende es que algunos no lo vean así -y seguro que por desgracia habrá algunos en la Universidad pero creo que menos de los que tendemos a pensar, si pienso en mis profesores creo que no llegarían ni a un 10% los que piensen así-)

    También una cosa, Jorge. Creo que la idea de que pienses como si fuera un algoritmo es muy buena, aunque yo hubiera dicho una función con multitud de variables y factores que amplifican o disminuyen muchísimo el valor de esas variables.

    Nada más, saludos.

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  6. Muy buen resumen, ayuda y mucho a situarse en el problema del huevo o la gallina, versión ácidos nucleicos.

    El capítulo me ha gustado mucho, pero es verdad que esta parte parece dar muchas vueltas a todo. Seguramente porque tampoco se tiene ninguna respuesta sólida y sí muchos caminos posibles. Pero es fascinante ver cómo se avanza por ellos. Y la posibilidad de ver simples hebras de ARN replicándose con muy poca ayuda es un comienzo para la vida.

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  7. Este capítulo de mi sección es complejo, y a pesar de ello Santos lo ha resumido muy bien. El RNA es una molécula fundamental (quizá la que más) para entender algunos puntos clave en el origen de la vida, y todo lo que se sabe en la actualidad sobre el RNA nos está sirviendo para profundizar en las funciones que pudo desempeñar durante el mundo prebiótico. Por tanto, en esta sección había que dedicarle el suficiente tiempo y cariño a la hipótesis del Mundo RNA, muy popular entre los expertos en el tema… y algunos de los cuales están leyendo este libro, por cierto.
    La clave, como habéis visto, es que el RNA es el único biopolímero que puede funcionar a la vez como genotipo (o archivo de material genético, como el DNA en todas las células) y como fenotipo (molécula estructural y funcional, como las proteínas en todos los seres vivos). Por tanto, la hipótesis del Mundo RNA consistió en proponer que el RNA pudo ser el primer biopolímero, anterior a las proteínas y al DNA. Y con ello se inició una línea experimental muy potente, como Santos ha resumido, que actualmente se desarrolla en diferentes laboratorios (entre ellos el mío en el Centro de Astrobiología). De todos modos, como habéis comprobado en este capítulo, hay muchas preguntas abiertas sobre la validez de esta hipótesis. Sobre ello estamos investigando en la actualidad, dentro del contexto de lo que conocemos como ‘química de sistemas’ que aparecerá en el Capítulo 6.
    Pero bueno, si el capítulo se hace denso y alguien se duerme al leerlo no está tan mal… porque eso es caer a la vez en brazos de Morfeo y del RNA ;-) No, en serio, estoy de acuerdo con Juan Carlos en que este libro (y este capítulo en particular) no es para leer con sueño ya que exige concentración, subrayar, releer… y así disfrutar (o no, claro) de todo lo que contamos.
    Veo que lo que sí os ha motivado más ha sido lo de las superficies… sobre todo por su conexión con la pizza y la lasaña. Aunque esto también puede ser contraproducente, dependiendo de a qué hora se lea ;-)
    Si os apetece leer un breve resumen que acabo de publicar sobre lo fundamental del Mundo RNA y sus aplicaciones en la selección de aptámeros, podéis encontrarlo en el último número del Boletín de la SEBBM: http://www.sebbm.es/web/es/divulgacion/acercate-nuestros-cientificos/1711-carlos-briones-septiembre-2016-la-revolucion-de-acidos-nucleicos-in-vitro
    Y si os interesa profundizar sobre la estructura del ribosoma, os puede gustar este post sobre Ada Yonath que escribí para Naukas: http://naukas.com/2016/02/11/womeninstem-ada-e-yonath-y-la-estructura-del-ribosoma/
    Por último, sobre los comentarios relacionados con la evolución, el azar y la selección… como decía en otra ocasión mejor esperar al Capítulo 8 para hablarlo con más datos.

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