sábado, 24 de septiembre de 2016

Orígenes.La vida. Capítulo 3 - Química prebiótica.

Hola a todos.

Antes de empezar, GRACIAS A TODOS.

Gracias porque esto de #TertuliasCiencia me parece algo GENIAL y… #TertuliasCiencia no sería posible sin vosotros. GRACIAS

Y ahora al asunto.

Lo primero. ¡Me ha encantado el capítulo! Me ha encantado porque me ha hecho recordar lo bella que es la química, me ha recordado esos tres años de química orgánica que cursé en la Universidad.
Pero ¡me ha costado! Me ha costado porque existe cantidad de terminología bioquímica que no manejo con soltura y al final me lía un poco (¡o un mucho!).

He de decir que, conforme leía, me imaginaba átomos unidos en movimiento y moléculas que evolucionan choque tras choque. Las continuas referencias a la temperatura me informaban de lo deprisa o de lo lentos que se estaban moviendo los reactivos.
Cuando el autor hablaba de que no tenía la suficiente energía para producirse un producto a una determinada temperatura y de que a temperaturas más altas ya no era estable… yo me imaginaba choques no efectivos que dejaban los átomos unidos como estaban, quedándose la molécula inalterada; y también me imaginaba como a alta temperatura el movimiento excesivo hacía que, si se producía una determinada molécula, esta se rompiera.
Cuando hablaba de los catalizadores, yo me imaginaba que los reactivos eran “cazados” por estas especies (“forzándolas” a orientarse de una manera adecuada que facilitará los choques), o que estos generaban otros intermedios de  reacción, o…
Cuando hablaba de rendimientos, yo veía millones y millones de moléculas de unas mismas sustancias chocando entre sí, generándose en algunos de esos choques las moléculas buscadas, pero también apareciendo muchas otras.

Quizás el autor no pretendiera generar esas sensaciones en el lector, pero yo es lo que he “sentido/imaginado”. Pienso que el autor ha redactado francamente bien este capítulo, y lo creo porque me ha resuelto dudas y me ha hecho darme cuenta de cosas que desconocía. Me explico.

Yo no entendía muy bien cómo podían sobrevivir, las sustancias químicas formadas en el espacio, a la entrada en la atmósfera. Pero esa parte del texto me ha parecido genial. Conforme leía, unas dudas me eran contestadas pero me surgían nuevas dudas. En la frase siguiente esa duda era contestada pero… Esto me ha pasado en varias ocasiones. Bravo por el autor.

Por otro lado sabía que la vida era de “derechas o de izquierdas” y que en condiciones químicas normales de laboratorio o industria no fabricamos solo de un tipo, sintetizamos mezclas racémicas. Pero no había pensado que eso era algo disonante y difícil de analizar desde el punto de vista de la evolución “de prebiótica a bioquímica”. Me ha encantado averiguarlo.

Y ahora el resumen.

Al comenzar el capítulo nos recuerda como era la Tierra primitiva.
Muy pronto se empezaron a acumular las moléculas de donde surgiría la química prebiótica. Se cree que desde hace 3850 Ma existen condiciones geofísicas y geoquímicas para que empezarán síntesis más complejas a partir de esas primeras moléculas (H2O, CO2, NH3, H2, N2, CH4, CO, H2S…).
Existió antes un periodo que podría haberlas creado (entre hace 4400 Ma y 4000 Ma) pero no hay evidencias de que ocurriera. Además entre hace 4000 Ma y 3850 Ma hubo un bombardeo masivo de meteoritos y núcleos de cometas que pudo haber esterilizado, o incluso introducido moléculas orgánicas desde el espacio (un cálculo del 1992 estima que cayó en esa época más materia orgánica del espacio en la Tierra de la que existe en la actualidad).
Lo dicho, se cree que la química prebiótica empezó hace unos 3850 Ma.

Continúa hablándonos de Miller y de Oró.
El experimento de Miller fue revolucionario (publicado en Science en 1953). Sintetizó materia orgánica compleja (incluyendo algunos aminoácidos, los constituyentes de las proteínas) partiendo de los componentes que se suponía que había en esa Tierra primigenia. En la actualidad se han mejorado los experimentos “tipo Miller” y se han sintetizado multitud de aminoácidos, pero dependen mucho de las condiciones de partida (son muy dependientes por ejemplo del tipo de atmósfera que se supone que habría).
Los experimentos de Oró en 1959 (bioquímico nacido en Lleida) también fueron revolucionarios. Yo los desconocía totalmente, así como también desconocía la “guerra fría” que surgió entre los dos modelos que fueron propuestos apoyándose en dichos experimentos. Oró sintetizó una base nitrogenada (constituyente principal de los nucleótidos, que a su vez cuando se unen forman el ADN y el ARN).
El autor nos cuenta que Muller (norteamericano) presentó un modelo de “nacimiento de la vida” a partir de una cadena de ADN que empezó a realizar funciones típicas de la vida: replicación, mutabilidad y metabolismo. También nos dice que Oparin (ruso) lanzó otro modelo para “contraatacar” el modelo norteamericano. El modelo ruso era igual de simple que el anterior, se basada en que se formaron proteínas y estas catalizaron la síntesis de ácidos nucleicos. En los tiempos de la Guerra Fría todo estaba polarizado. Durante años se enfrentaron ambos modelos, pero en la actualidad toda esta simplicidad está superada.

Después nos comenta la hipótesis de panspermia.
El caso es que en 1969 cayó un meteorito de la familia de las condritas carbonáceas que revolucionó el panorama. En estos meteoritos aguantan casi intactos en su interior las moléculas orgánicas que transportan y, tras su análisis y otros muchos estudios y cálculos (uno ya lo he comentado antes), tomo fuerza el pensamiento de que mucha materia orgánica compleja pudo venir del espacio (incluso algunos afirman que también microorganismos o esporas pudieron venir, pero esa hipótesis no se mantiene por ninguna prueba en la actualidad y la gran mayoría de los investigadores de este tema la desechan).

Luego nos habla de los aminoácidos zurdos y los nucleótidos diestros.
Nunca había pensado que esto es algo difícil de hacer encajar en la química prebiótica, pero cuando lo he leído no me ha sorprendido.
Como dije al principio, en los entornos físico-químicos abióticos lo normal son las mezclas racémicas. Incluso en los meteoritos se han encontrado de los dos tipos (pero en las condritas carbonáceas si que hay un exceso de uno de los tipos… curioso ¿no?).
Para solucionar este problema se han propuesto dos modelos: el biótico y el abiótico. El biótico nos dice el autor que es inconsistente porque debería de haber biopolímeros funcionales homoquirales que generarán la homoquiralidad y que rompieran la mezcla racémica. El abiótico es más consistente y se están buscando mecanismos físico-químicos que lo hagan posible; algunos de estos mecanismos se basan en la destrucción de uno de los quirales y otros se basan en el azar (azar al principio, por ejemplo que saliera un exceso de uno y desde esa primera formación, mediante mecanismos bioquímicos posteriores, fuera progresando esa opción).
Dentro de este apartado, el autor se pregunta ¿cómo aumentaría nuestro conocimiento si encontráramos vida en otra parte del Universo y analizáramos su quiralidad?

Para terminar nos habla de los avances en la química prebiótica.

· En la actualidad, mediante experimentos a partir de las moléculas simples que se supone que había, se han sintetizado prácticamente todos los bio-monómeros. En ocasiones se han utilizado como catalizadores algunas moléculas orgánicas, compuestos organometálicos e incluso catalizadores inorgánicos presentes en rocas.

· Muchos de los aminoácidos son bastante fáciles de generar. Pero el enlace entre aminoácidos (para sintetizar así proteínas) es bastante difícil en el agua, Sin embargo en medios distintos de “solamente agua” si se ha conseguido (se han buscado entornos locales sin agua: superficies catalizadoras inorgánicas, interfases agua-bicapas lipídicas…).

· Por otro lado, para sintetizar el ADN y el ARN son necesarios los nucleótidos (el ADN y el ARN son secuencias de nucleótidos). Los nucleótidos están formados por la unión de un grupo fosfato, de la desoxiribosa (ADN) o la ribosa (ARN) y de una base nitrogenada. Pues para sintetizar los nucleótidos se tuvieron problemas cuando se intentaron generar sus tres constituyentes y luego unirlos (problemas con la ribosa, problemas con la existencia del grupo fosfato… pero sobre todo problemas para unirlos adecuadamente en medios abióticos). En el 2009 el panorama cambió porque se generó un nucleótido sin pasar por los estados intermedios de ribosa y base nitrogenada.
Por cierto, cuando se han sintetizado las bases nitrogenadas en condiciones abióticas aparecen muchas más de las que tienen los seres vivos. Por ello algunos piensan que el “código genético inicial” pudo contener más letras, y que ahora solo quedan las más “adaptadas” al entorno químico y físico existente.

· Con respecto a las moléculas anfifílicas necesarias para formar las membranas los experimentos han demostrado que se pudieron formar.

Propuesta de debate:
¿Es realmente tan importante la contribución de Oró? Y de ser así ¿cómo es posible que en España no se utilice mucho más esta figura para incentivar carreras científicas?


Nota final: espero disculpéis todos los errores que seguro tiene el resumen. Me ha costado mucho resumir e intentar dejar lo más significativo. Yo no soy bioquímico y me lío con su terminología, todo se mezcla en mi cabeza. Arreglar los errores en los comentarios, please!

9 comentarios:

  1. Hola a todos,

    Juan Carlos, yo no he visto ningún fallo en el resumen, pero al igual que tu la bioquímica no es mi fuerte. Aprovecho para preguntar: ¿conocéis algún libro de divulgacion o más técnico sobre bioquímica elemental? Más que nada para conocer los aspectos básicos?

    Algo que me ha llamado la atención y que, aunque el libro lo explique, es la hipótesis de la panspermia. No puedo evitar pensar que, con la cantidad de moléculas complejas orgánicas que existen en regiones de formación estelar, la vida no pudiera haberse originado fuera de la tierra y llegar a ella a través de los bombardeos de meteoritos a los que ha estado sujeta la tierra en sus inicios.

    Respecto de Oró, pienso que sí, se podría utilizar para fomentar las vocaciones científicas, pero poca gente en España conoce a los grandes científicos que ha dado nuestro pais, ni siquiera los propios científicos. Sólo con pensar en Cajal y que algunos piensen que Ramón era su nombre ya le quita las ganas a cualquiera. Imaginad con alguien menos conocido. Por poner un ejemplo, hace poco descubrí a uno de los pioneros en Astronomía en España y ¡nunca he escuchado hablar de él ni en clase, ni en libros ni en la web!

    Cn esto quiero decir que si dentro de una especialidad, se conoce la importancia de los pioneros, mucho menos, se conoce fuera de ella. Ni s va a dar a conocer...

    Por último, si tenéis referencias sobre como funciona la química prebiótica, os agradecería enlaces o libros, me interesa mucho!

    Y, Juan Carlos, MUCHAS GRACIAS, también de mi parte! Lo que aprendo aqui y, sobre todo, las opiniones de todos vosotros me ayudan no solo a aprender sino a crecer como persona!!

    Buena semana!

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    1. Pues no conozco ningún libro de bioquímica elemental, pero quizás los libros de 2º de bachillerato de biología te sirvan, suelen ser muy buenos para aproximarte al tema (o al menos eso me parece a mí).
      Saludos

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  2. Excelente resumen de un capítulo, como los anteriores muy denso.
    El tema de la quiralidad y la elección es algo muy llamativo e interesante. He estado buscando un relato de Cesar Tomé en el que la solución a la aparente paradoja era precisamente que en el planeta donde se desarrolla había distinta quiralidad, pero no lo he encontrado. Aunque he encontrado otras entradas de él muy interesantes y que dejo aquí:
    http://www.experientiadocet.com/2010/11/una-posible-explicacion-la-separacion.html
    http://www.experientiadocet.com/2012/01/los-aminoacidos-como-catalizadores-para.html
    http://www.experientiadocet.com/2011/12/q2011-origen-de-la-vida-y-biologia.html
    http://www.experientiadocet.com/2009/09/el-impacto-de-un-cometa-explicaria-el.html

    No puedo saber cuan importante es la contribución de Oró, pero si está en el principio de la discusión y pionera debe serlo y mucho. Como dice Jorge no conocemos a los de nuestro campo como para conocer los de otros. Pero sí, creo que falta más divulgación en ese sentido, y de exponer a grandes figuras al público. Con respecto a eso de alentar vocaciones científicas, ahora mismo estoy escuchando un podcast más que interesante que habla un poco de esto. Así que este comentario va a ser el de los enlaces.
    http://www.ivoox.com/mas-alla-ciencia-lorenzo-melchor-audios-mp3_rf_12877333_1.html
    Creo que os he dejado bastante faena.
    Un saludo a tod@s.

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  3. Buenos días

    Sin duda el capítulo es muy interesante y también se hace complicado para los que solo tenemos nociones de bioquímica. La última parte me ha costado bastante y en las primeras he disfrutado mucho relacionando conocimientos básicos de química con la aparición delas primeras biomoléculas, como Juan Carlos.

    Tampoco conocía a Oró pero el número de referencias en las que aparece en este capítulo me da una idea de su importancia. Efectivamente sería muy importante conocer las aportaciones de nuestros grandes científicos en las diversas ramas de la ciencia, mostrarlos a nuestros alumnos podría ayudarlos a elegir su futuro.

    Jorge, no conozco los libros que pides pero los apuntaré si alguien nos los señala.

    Javi, gracias por toda esa información pero me dejo el trabajo para entre semana. Es demasiado para un domingo.

    Hasta luego

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    1. Santos, cuando leía el capítulo pensaba, si yo me lío con tanto nombre bioquímico que será de los que no controlan ni los nombres químicos.

      El caso es que quería poner algunas infografías de proteínas y de cadenas de nucleótidos, también pensé en poner algo de quirales pero al final me costó más de lo que yo creía el resumen y no me dio tiempo.

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  4. ¡Hola a todos!

    Ya sé que mis pocos conocimientos (los que algún día tuve) de química están totalmente olvidados, y que de bioquímica nunca he estudiado; pero igualmente me está frustrando no enterarme de nada cuando el autor escribe terminología que desconozco. Supongo que no se puede explicar lo que pretende el autor sin utilizar estos términos, y que el problema principal es mi ignorancia; pero igualmente es frustrante.

    Así que, Juan Carlos, soy la menos indicada para darme cuenta de cualquier error. Y, teniendo en cuenta cómo es el capítulo, tu resumen está fantástico.

    Respecto a Juan Oró me ha sorprendido la relevancia que le da el autor, sobre todo porque nunca había oído hablar de él, mientras que de Miller sí.

    Aunque no tengo ni idea de si esa contribución fue tan importante. Pero, si lo fue, debería de ser más divulgada. Pues tengo la sensación de que hay un cierto pesimismo entre los científicos de nuestro país (que seguro que es justificado) sobre que un español lo tiene muy difícil para hacer grandes cosas en investigación. Y esto puede desmotivar a cualquiera. Aunque, por lo que parece, Oró estudió y realizó su trabajo en EEUU. Por lo que no sé si será muy incentivador lo de que "si quieres investigar tienes que emigrar".

    Y también quería agradeceros a todos este proyecto con el que tanto se aprende. En especial a Juan Carlos, que es su cara más visible en la organización.

    Javi, yo también me apunto los "deberes" ;) para los próximos días.

    ¡Que paséis una feliz semana!

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    1. Conxi, lamento no haber tenido más tiempo para haber puesto algo que ayudará a la comprensión (infografías por ejemplo, también he buscado un youtube donde se explica la quiralidad en breaking bad, pero tampoco lo encontré).

      Por cierto, yo creo que los investigadores si saben que pueden hacer grandes cosas, creo que salen bastante preparados.
      El pesimismo es que ves como tu país no lo apoya y que por ello el futuro es incierto, no solo para ti, también para tu país.
      Y yo me refería a que los españoles (los españoles en general no los que se han formado en una determinada especialidad) tienden a pensar que de nuestro sistema no sale gente preparada, que la educación es de las peores de Europa, que... y opino que ese tipo de pensamientos (inculcados creo yo por los políticos, que así pretenden no invertir en investigación porque prefieren invertir en el ladrillo -donde pueden hincar más el diente-) no es justo y nos llevará al desastre.

      Opino que generamos "grandes" en muchas cosas, y que aunque tenemos cosas que mejorar, solo nos salvaremos si no nos cargamos lo bueno de nuestro sistema.

      Al menos eso opino yo. Saludos

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  5. Juan Carlos, muchas gracias por tu certero resumen del Capítulo 3 de mi sección del libro, que es uno de los más complicados por todos los conceptos que trata. Pero para alguien como tú, que disfruta con la química, parece que no ha sido difícil ;-)
    Una vez planteada la trayectoria histórica en el capítulo anterior, éste transita de principio a fin por los territorios de la química. Química experimental, además, desde el trabajo de los pioneros Miller y Oró. De hecho, como veis pongo a ambos a la misma altura en este capítulo, porque tanto el uno como el otro fueron fundamentales en el origen de la química prebiótica… aunque por lo general a Joan Oró no se le ha considerado lo suficiente, especialmente en nuestro país. Así que en esta sección del capítulo me propuse hacerle mi pequeño homenaje. Por cierto, tuve la suerte de conocer a ambos personalmente, como también a otros de los investigadores actuales que aparecen a lo largo de mi sección en el libro. Esos son los pequeños lujos que nos podemos permitir los científicos: conocer a algunos de nuestros maestros… y caminar sobre sus hombros para poder ver más lejos.
    Hay muchos libros de bioquímica que podéis consultar para profundizar más en estos temas, y los links que indicáis están muy bien. Además podéis consultar la Wikipedia, que por lo general explica correctamente todas las cuestiones de química y bioquímica que trato en este capítulo (y en el resto de mi sección). Por cierto, quizá os pueda interesar también este post que escribí a finales del año pasado para el blog ‘Ciencia para llevar’ del CSIC, en el que resumo mi sección del libro y en particular algunos de los temas que trato en este capítulo: http://blogs.20minutos.es/ciencia-para-llevar-csic/2015/12/09/el-origen-de-la-vida-cuando-la-quimica-se-convirtio-en-biologia/
    En Naukas también he escrito sobre el experimento de Miller (http://naukas.com/2013/12/27/la-chispa-de-la-vida-el-experimento-de-miller-sesenta-anos-despues/) y sobre los avances de John Sutherland en química prebiótica (http://naukas.com/2015/03/30/mas-cerca-del-origen-de-la-vida-meteoritos-cianuro-y-quimica-de-sistemas/), por si os interesa. Por otra parte, en diciembre de 2015 la revista Muy Interesante publicó un número especial sobre vida extraterrestre, y en él escribí un artículo de seis páginas en el que comento también estos temas de forma resumida. No os puedo pasar el link de este artículo, pero esta revista supongo que estará en todas las bibliotecas…
    Por cierto, en este Capítulo 3 está una de las ilustraciones que más me gustan de las que preparó el gran Eduardo Saiz para mi sección: la que recrea la Tierra primitiva. Como los autores hemos comentado en alguna de las presentaciones del libro, el proceso que seguimos para preparar las ilustraciones fue muy interesante, ya que Alberto, José María o yo íbamos dando (por correo electrónico o teléfono, porque trabajábamos a distancia) indicaciones o ‘pistas’ de lo que queríamos, y nuestro magnífico ilustrador las plasmaba con su profesionalidad y estilo. Así, en el caso de esta figura 2.2, mis ‘materias primas’ (volcanes, meteoritos, tormentas, mar interaccionando con las rocas, surgencias hidrotermales, pequeños charcos de agua templada…) se convirtieron en este paisaje tan sugerente gracias al talento de Eduardo.

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